Dentro do currículo do 1º ano, as diversas áreas das ciências são priorizadas, ao mesmo tempo em que se aprimora o prazer pela pesquisa. No 2º ano, a Escola desperta o vínculo de todas as ciências com a consciência ecológica. São, principalmente, nessas duas séries, que diversos projetos de iniciação científica são desenvolvidos. Desde 2003, os alunos de Ensino Médio têm garantido participação desses projetos na Feira Brasileira de Ciência e Engenharia (Febrace), promovida pela USP, uma das maiores universidades do país. Em 2003, o projeto do 2º ano sobre reaproveitamento de rejeitos ficou em 2º lugar, e em 2005, o trabalho "Citronela, uma alternativa no combate à dengue" foi considerado o melhor em sua categoria.

O 3º ano - última etapa escolar do Ensino Médio - é um período de muito estudo. A preparação para o vestibular se acirra, mas a equipe pedagógica também tem como meta despertar e estimular a motivação nessa fase em que as pressões são muito latentes.